Anvendt bioinformatik ( forår 2008 - 5 ECTS )
Rammer for udbud
-
Uddannelsessprog:
(se under Undervisnings- og arbejdsform)
-
Niveau:
Valgfri overbygning
-
Semester/kvarter:
Q3 i 2008
-
Timer per uge:
-
Deltagerbegrænsning:
-
Undervisningssted:
Århus
-
Hovedområde:
Det Naturvidenskabelige Fakultet
-
Udbud ID:
8132
Formål
Deltagerne vil efter kurset have indsigt i teknikker til søgning i litteratur- og sekvensdatabaser samt praktisk erfaring med eksisterende data-resourcer og værktøjer inden for anvendt bioinformatik. Kurset er opbygget omkring tre moduler af hver én dags varighed. Modul 1 (Introduction to Python) giver deltagerne en introduktion til et scripting-programmeringssproget Python, samt bibringer deltagerne simple, relevante programmeringsteknikker til løsning af hyppigt forekommende bioinformatiske problemer. Modul 2 (Better use of MyNCBI & PubMed) giver deltagerne praktisk erfaring med søgesproget Entrez Query Language, der bruges i NCBIs databaser. Endvidere arbejdes der med PubMeds avancerede funktioner og samspil med andre databaser. Modul 3 (Sequence searching using MyNCBI, GenBank and the BLAST family) udvider søgesproget til sekvenssammenligning, sekvenssamlinger og samspillet mellem alle NCBIs databaser
Obligatorisk program
To projekter samt fremmøde
Indhold
Modul 1: Introduktion til Python, strengfunktioner og -processering, regulære udtryk, persistent data, parsing; Modul 2: Introduktion til PubMed, søgesproget Entrez Query Language, MyNCBI; Modul 3: Introduktion til GenBank, søgning, MyNCBI, BLAST søgninger, andre NCBI databaser
Læringsmål
Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne: (1) Implementere simple programmer til tekstprocessering i Python. (2) Analysere dataformatet af tekststrenge og identificere hvilken processeringsteknik der bedst vil kunne uddrage en ønsket information. (3) Identificere og implementere den bedste søgestrategi i henholdsvis NCBIs litteratur- og sekvensdatabaser
Faglige forudsætninger
Underviser
Jakob Fredslund (Modul 1) og Palle Villesen (Modul 2 og 3)
Undervisnings- og arbejdsform
3 dage med hver 7 timers forelæsning og praktiske øvelser 4 øvelsesgange med hver 2 timer Øvelsesgange og forelæsningsdage planlægges således at der er én aktivitet hver uge
Litteratur
Noter
Kursushjemmeside
http://www.birc.au.dk/Studies/AB
Eksamensterminer
Ordinær eksamen: Q3 Reeksamen: Efter aftale
Udbyder
Center for Bioinformatik (BiRC)
Adgangskrav
Se Forudsætningskrav
Tilmelding til undervisning
Via studiekontoret
Bedømmelse
-
Undervisningsdeltagelse, bedømt efter Bestået/ikke bestået med ingen censur
5 xxxxx
Skriftlig opgave, 7-skala, intern censur
