Algoritmer i Bioinformatik - Sekvenser (Q1) ( efterår 2007 - 5 ECTS )
Rammer for udbud
-
Uddannelsessprog:
(se under Undervisnings- og arbejdsform)
-
Niveau:
Valgfrit overbygningskursus
-
Semester/kvarter:
Q1 i 2007/2008
-
Timer per uge:
-
Deltagerbegrænsning:
-
Undervisningssted:
Århus
-
Hovedområde:
Det Naturvidenskabelige Fakultet
-
Udbud ID:
8310
Formål
Deltagerne vil efter kurset have detaljeret kendskab til algoritmer til sammenligning og analyse af biologiske sekvenser (DNA, RNA og protein), og praktisk erfaring med implementation af disse algoritmer. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og gennemføre projekter og til at formidle og kommunikere faglige problemstillinger.
Obligatorisk program
To programmeringsprojekter
Indhold
Bioinformatik er en tværfaglig disciplin med fokus på udvikling og anvendelse af algoritmer og værktøjer til analyse af biologisk data. Meget effektive bioteknologiske-metoder til indsamling af biologisk data betyder, at mængden af tilgængelig data vokser hurtigere end tilgængelig regnekraft. Analyse af den hastigt voksende datamængde kræver derfor særdeles effektive algoritmer og teknikker. Dette kursus dækker centrale algoritmiske problemer og teknikker til analyse af biologiske sekvenser. Kurset introducerer de underliggende biologiske spørgsmål og modeller, men fokuserer på algoritmiske problemer og teknikker i forbindelse med sammenligning af to eller flere biologiske sekvenser; søgning i sekvensdatabaser; genstruktur-forudsigelse; og analyse af hele genomer.
Læringsmål
Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:
-
definere
og
beskrive
basale elementer i biologiske sekvenser (DNA, RNA og protein).
-
beskrive
og
analysere
kendte problemstillinger og algoritmer inden for biologisk sekvens analyse.
-
anvende
og
forklare
kendte teknikker til design af algoritmer inden for biologisk sekvensanalyse.
-
implementere
og
evaluere
algoritmer baseret på kendte teknikker inden for biologisk sekvensanalyse.
-
diskutere
brugen af kendte algoritmer og teknikker til løsning af mere komplekse problemstillinger inden for biologisk sekvensanalyse.
Faglige forudsætninger
dADS1+2
Underviser
Christian Nørgaard Storm Pedersen
Undervisnings- og arbejdsform
Forelæsninger (2+1t/uge)
Litteratur
Annonceres senere
Kursushjemmeside
http://www.daimi.au.dk/~cstorm/courses/AiBS
Udbyder
Datalogisk Institut
Tilmelding til undervisning
http://www.brics.dk/~mis/enrollment.html
Studieordning og bedømmelse
-
Mundtlig, bedømt efter 7-skala med intern censur
Mundtlig eksamen uden forberedelse (20 min)
7-skala, intern censur