Algoritmer i Bioinformatik - Træer og Strukturer (Q2) ( efterår 2007 - 5 ECTS )
Rammer for udbud
-
Uddannelsessprog:
(se under Undervisnings- og arbejdsform)
-
Niveau:
Valgfrit overbygningskursus
-
Semester/kvarter:
Q2 i 2007/2008
-
Timer per uge:
-
Deltagerbegrænsning:
-
Undervisningssted:
Århus
-
Hovedområde:
Det Naturvidenskabelige Fakultet
-
Udbud ID:
8311
Formål
Deltagerne vil efter kurset have detaljeret kendskab til algoritmer til rekonstruktion og sammenligning af evolutionære træer og netværk (fylogenetik) samt forudsigelse af molekylære strukturer (RNA og protein) og praktisk erfaring med implementation af disse algoritmer. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og gennemføre projekter, og til at formidle og kommunikere faglige problemstillinger.
Obligatorisk program
To programmeringsprojekter
Indhold
Bioinformatik er en tværfaglig disciplin med fokus på udvikling og anvendelse af algoritmer og værktøjer til analyse af biologisk data. Meget effektive bioteknologiske-metoder til indsamling af biologisk data betyder, at mængden af tilgængelig data vokser hurtigere end tilgængelig regnekraft. Analyse af den hastigt voksende datamængde kræver derfor særdeles effektive algoritmer og teknikker. Dette kursus dækker centrale algoritmiske problemer og teknikker inden for fylogenetik og strukturforudsigelse. Kurset introducerer de underliggende biologiske spørgsmål og modeller, men fokuserer på de algoritmiske problemer og teknikker i forbindelse med rekonstruktion og sammenligning af fylogenetisk træer og netværk; RNA sekundær-struktur forudsigelse med og uden pseudo-knuder; protein sekundær- og tertiæer-struktur forudsigelse; docking og sammenligning af molekylære-strukturer.
Læringsmål
Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:
-
definere
og
beskrive
basale elementer i fylogenetiske træer/netværk samt molekylære strukturer (RNA og protein).
-
beskrive
og
analysere
kendte problemstillinger og algoritmer inden for fylogenetik og strukturforudsigelse.
-
anvende
og
forklare
kendte teknikker til design af algoritmer inden for fylogenetik og strukturforudsigelse.
-
implementere
og
evaluere
algoritmer baseret på kendte teknikker inden for fylogenetik og strukturforudsigelse.
-
diskutere
brugen af kendte algoritmer og teknikker til løsning af mere komplekse problemstillinger inden for fylogenetik og strukturforudsigelse.
.
Faglige forudsætninger
Algoritmer i Bioinformatik - Sekvenser
Underviser
Christian Nørgaard Storm Pedersen
Undervisnings- og arbejdsform
Forelæsninger (2+1t/uge)
Litteratur
Annonceres senere
Kursushjemmeside
http://www.daimi.au.dk/~cstorm/courses/AiBTaS
Udbyder
Datalogisk Institut
Tilmelding til undervisning
http://www.brics.dk/~mis/enrollment.html
Studieordning og bedømmelse
-
Mundtlig, bedømt efter 7-skala med intern censur
Mundtlig eksamen uden forberedelse (20 min)
7-skala, intern censur