AU kursuskatalog arkiv

Introduktion til Bioinformatik ( efterår 2008 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

• Uddannelsessprog: engelsk (eller dansk)
• Niveau: Bachelorkursus
• Semester/kvarter: 1. kvarter
• Timer per uge: 7
• Deltagerbegrænsning: Ingen
• Undervisningssted: Århus
• Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
• Udbud ID: 12184

Formål

Kurset har til formål at give deltagerne et grundlæggende kendskab til metoder og praktisk anvendelse af disse til analyse af sekvens, struktur og expressionsdata.

Obligatorisk program

Computerøvelser og godkendelse af 6 opgaver

Indhold

Ved forelæsningerne vil det teoretiske fundament for grundlæggende bioinformatiske metoder blive præsenteret med udgangspunkt i de forskellige typer af biologisk data. Dette inkluderer gennemgang af basale algoritmer. Desuden vil væsentlige værktøjer til analyse blive præsenteret og diskuteret og konkrete anvendelser af disse demonstreret. Øvelserne vil fokusere på praktisk anvendelse af programmer til løsning af bioinformatiske spørgsmål og teori vil blive diskuteret med udgangspunkt i dette.

Følgende emne områder vil blive gennemgået:

· Databaser, konstruktion og praktisk navigation - informationssøgning.

· Sekvenssammenligning, alignment, alignment programmer

· Phylogenetisk analyse, konstruktion af træer, hypotesetestning vha. phylogenetiske metoder

· Genomanalyse og genomevolution. Programmer til genfinding og genomannnotering. miRNA

· RNA struktur og proteinstruktur. Programmer til forudsigelse af sekundær strukturer.

· Netværksanalyse, Genetisk variationsdata. Associationskortlægning og farmacogenetik

Læringsmål

Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:

· redegøre for centrale bioinformatiske anvendelsesområder

· redegøre for basale forskelle i kendte modeller og metoder til analyse af biologiske data

· anvende kendte bioinformatiske programmer

· fortolke resultater opnået ved anvendelse af bioinformatiske programmer

· vurdere pålidelighed af resultater opnået ved anvendelse af bioinformatiske programmer

Faglige forudsætninger

2 år af bachelorstudie bestået

Underviser

Søren Thirup (Molekylærbiologi), Palle Villesen (Center for Bioinformatik), Christian N.S. Pedersen (Center for Bioinformatik)

Undervisnings- og arbejdsform

3 F/uge + 4 TØ/SØ/uge i 7 uger i 1. kvarter. Forelæsninger over lærebog og originallitteratur, inviterede foredragsholdere, studenterpræsentationer, samt computerøvelser og opgaveregning til TØ.

Materiale: engelsk

Undervisningssprog:

Litteratur

M. Zvelebil & J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007

Supplerende materiale: Originalartikler samt oversigtsartikler

Kursushjemmeside

http://www.aula.au.dk/INTBIOINF07/

Eksamensterminer

Ordinær eksamen: efter 1. kvarter

Reeksamen: Efter 2. kvarter (januar)

Udbyder

Kurset udbydes som samarbejde mellem Molekylærbiologisk Institut og Biologisk Institut, Center for Bioinformatik

Indgår i følgende studieordninger

Kurset indgår på nanoteknologi, molekylærbiologi, og bioinformatik-uddannelserne som obligatorisk kursus, og som valgfrit modul på biologi.

Målgruppe

3. år

Studieordning og bedømmelse

Bacheloruddannelsen i molekylær medicin

• Hjemmeopgave, bedømt efter 7-skala med ekstern censur

Grundfaget i molekylærbiologi

• Hjemmeopgave, bedømt efter 7-skala med ekstern censur

Kandidatuddannelsen i medicinalkemi

• Hjemmeopgave, bedømt efter 7-skala med ekstern censur

• Bunden 48 timers hjemmeopgave udarbejdes i eksamensperioden.

• Bedømmes efter 7-trinsskala

• Ekstern censur