Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Fysisk biokemi 1 ( efterår 2008 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

Uddannelsessprog: dansk
Niveau: Grundkursus
Semester/kvarter: 1. kvarter.
Timer per uge: 7-14
Deltagerbegrænsning: Ingen.
Undervisningssted: Århus
Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
Udbud ID: 12176

Formål

Kurset giver den studerende elementær indsigt i principperne bag og anvendelse af gængse fysiske metoder i biokemi og molekylærbiologi.

Obligatorisk program

Laboratorieøvelser og diskussionssessionerne.

Indhold

Kurset introducerer basale elementer af proteiners struktur og foldning, ligandbinding, ligevægtskonstanter, kinetik og hydrodynamik påkrævet for en forståelse af principperne bag moderne biokemiske separationsmetoder og fysiske karakteriseringsmetoder. Kurset vil beskrive kromatografi, diffusion, ultracentrifugering, elektroforese, reverse phase HPLC, massespektrometri, isothermisk kalorimetri, biacore, stopped flow, og andre metoder i form af forelæsninger, teoretiske øvelser og laboratorieøvelser.

Læringsmål

Fysisk Biokemi 1. Foreløbige læringsmål, kurset er under revision.

Redegøre for almindelige kromatografiske metoder, herunder affinitets-, ionbytter-, gelfiltrerings- og hydrofob interaktions-kromatografi. Fremsætte begrundede løsningsforslag til oprensning af et givet protein fra naturlige eller rekombinante kilder.
Redegøre for højtryksvæskekromatografi (HPLC) samt metodens separationsparametre. Anvende omvendt-fase HPLC til at udvikle metoder til præparativ eller analytisk separation af mindre biomolekyler, peptider, proteiner og nukleinsyrer.
Redegøre for almindelige hydrodynamiske separations- og analysemetoder, herunder diffusion, ultracentrifugering og elektroforese af biomolekyler i gelmatricer (polyacrylamid og agarose) og i kapillærer.
Redegøre for massespektrometri og masseanalyse; analysere matrix-assisteret laser-desorptions-flyvetids (MALDI-TOF), og elektrosprøjte-ioiserings (ESI) massespektrer med henblik på massebestemmelse af ukendte biologiske prøver, identifikation af ukendte proteiner, fastlæggelse af sekundære modifikationer i proteiner, sekvensanalyse af peptider, kompleksdannelse mellem proteiner og ligander samt identifikation af enkelt-nukleotid-polymorfier.
Redegøre for makromolekyle-ligand interaktioner, bindingsaffinitet og konkurrerende binding af to ligander, samt de matematiske udtryk herfor. Redegøre for fysiske metoder, der anvendes til eksperimentelt at måle ligandbinding. Redegøre for og anvende almindelige grafiske afbildninger for bestemmelse af dissociationskonstanter og antal ligandbindingssteder for såvel nonkooperativ som kooperativ ligandbinding.
Redegøre for nulte-, første- og anden-ordens reaktioner og deres kinetik. Redegøre for fysiske metoder, der anvendes til eksperimentelt at måle reaktionshastighed og aktiveringseenergi. Anvende matematiske og grafiske udtryk til bestemmelse af reaktionsorden og kinetiske parametre, herunder både for den fremadgående og den tilbagegående reaktion ved reversible reaktioner.

Faglige forudsætninger

1. år på en af molekylærbiologi-uddannelserne eller tilsvarende.

Underviser

Ansvarshavende lærer
Navn: Lars Sottrup-Jensen
Universitetsadresse: Molekylærbiologisk Institut, Forskerparken, Gustav Wieds Vej 10C, 8000 Århus C
Telefonnummer: 8942 5051
E-mail: lsj@mb.au.dk'>lsj@mb.au.dk">lsj@mb.au.dk

Øvrige lærere
Michael Toft Overgaard

Undervisnings- og arbejdsform

2x2 timers forelæsninger pr. uge i 6 uger
1x1 og 1x2 timers teoretiske øvelser pr. uge i 5 uger
2x5 timers laboratorieøvelser i reverse-phase HPLC og 2x2 timers diskussion af eksperimentelle resultater

Materiale: Engelsk
Undervisningssprog: Dansk

Litteratur

Undervisningsmateriale

Forelæsningsnoter, opgaver til teoretiske øvelser og vejledning til laboratorieøvelser kan købes i boghandlen på Matematisk Institut, en uge før kursusstart.

På kursushjemmesiden vil der findes en oversigt over det stof og de teoretiske øvelser, der vil blive gennemgået i den første uge.

Supplerende materiale

Intet.