[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]
Kurset har til formål at give deltagerne en dyberegående indsigt i sammenhængen mellem proteiners aminosyresekvens, 3-dimensionelle struktur og funktion.
TØ samt artikelgennemgang og computerøvelser.
Peptidbindingens geometri, konformationelle begrænsninger og fysisk/kemiske egenskaber danner udgangspunkt for beskrivelse af de regulære foldningsmønstre i proteiner. Metoder for tilordning af peptidkædens sekundære struktur og klassifikation af protein domæne strukturer gennemgås. Sammenhænge mellem sekvens og struktur og anvendelse af disse til forudsigelse af struktur. Beskrivelse af ligand binding og kompleksdannelse. Konformationelle ændringer i proteiner. Vekselvirkningsflader mellem domæner og mellem proteiner i komplekser. Vandstruktur på protein overflader og i vekselvirkninger mellem protein og ligand. Transport af ligander specielt i forbindelse med membrantransport. Anvendelse og resultater af molekyldynamiske metoder. Konkrete strukturer præsenteres og gennemgås indenfor de overordnede foldningsklasser og funktionelle klasser for opløselige såvel som membranbundne proteiner.
Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:
· beskrive struktur og konformation af hoved- og sidekæder.
· beskrive vekselvirkninger mellem protein og ligand
· redegøre for metoder til klassifikation og sammenligning af proteinstrukturer
· redegøre for og anvende simple metoder til homologi-modellering
· forudsige og argumentere for effekter af punktmutationer mht til kinetik og binding
· anvende molekylær grafik til fremvisning af udvalgte aspekter af proteinstrukturer og deres ligander
· forudsige og argumentere for placering af mulige bindings/aktive lokaliteter med udgangspunkt i struktur- og sekvensdata.
· Redegøre for de hyppigst forekommende foldningsmønstre for opløselige og membran-bundne proteiner.
Videregående biokemi
Ansvarshavende lærer
Navn: Søren Thirup
Universitetsadresse: MBI, Forskerparken, Barak 12, rum 105, Gustav Wieds Vej 10 C, 8000 Århus C
Telefon: 8942 5251
E-mail:
sth@mb.au.dk
Øvrige lærere
Thomas Boesen
3 F +1 TØ + 3 TØ pr. uge fordelt på 1. og 2. kvarter. Forelæsninger over lærebog og originallitteratur, inviterede foredragsholdere, studenterpræsentationer, samt computerøvelser og opgaveregning til TØ.
Engelsk, hvis der er engelsktalende på kurset ellers dansk.
C. Branden and J. Tooze: "Introduction to Protein Structure", 2nd Edition, 1999, Garland Publishing Inc., New York.
Udleverede noter.
Originallitteratur.
Eksamen: 2. kvarter
Reeksamen: Efter aftale
Molekylærbiologisk Institut
Kurset tages primært af molekylærbiologistuderende på Bioteknologi-linien.
3. år
