AU kursuskatalog arkiv

RNomics ( efterår 2008 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

• Uddannelsessprog: engelsk (eller dansk)
• Niveau: Kandidatkursus
• Semester/kvarter: 2. kvarter
• Timer per uge: 4
• Deltagerbegrænsning: Max 25 deltagere
• Undervisningssted: Århus
• Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
• Udbud ID: 12170

Formål

Formålet med kurset er at give de studerende et indblik i struktur og funktion af ikke-kodende RNAer i mammale celler samt de bioteknologiske og terapeutiske anvendelsesmuligheder disse har givet anledning til.

Indhold

Gennemgang af de vigtigste ikke-kodende RNA-grupper (small interfering RNA, microRNA, small nucleolar RNA, riboswitches) og de processer de er involveret i (RNA-katalyse, RNA-interference, RNA-modifikation, RNA-editing) samt udbredelsen af alternativ RNA-splejsning i højerestående eukaryoter. Desuden gennemgåes nye sekventeresmetoder til deep sequencing af organismer og bioteknologiske anvendelser af RNA (In vitro evolution af aptamerer og ribozymer, terapeutisk RNAi og nukleinsyre baserede nanosensorer). Endelig vil vi diskutere mulighederne for in silico metoder til at analysere RNA sekvens og struktur (RNA bioinformatics).

Læringsmål

• Gøre rede for struktur og funktion af ikke-kodende RNA inden for de vigtigste RNA-hovedgrupper, herunder cellulær funktion og hvilke komponenter i cellen de spiller sammen med.
• Gøre rede for hvordan alternativ mRNA-splejsning bidrager til kompleksiteten i mRNA-expressionen hos højerestående eukaryoter, samt hvorledes non-coding RNAer kan omprogrammere denne process.
• Forklare RNA-interference og beskrive de involverede cellulære komponenter, samt sammenligne mekanismen for RNA-interference i højere og lavere eukaryoter.
• Gøre rede for eksempler på ikke-virale og virale teknikker til at indføre små RNAer i celler og hele organismer.
• Forklare struktur og funktion af small nucleolar RNAer og deres rolle i genekspressionen.
• Gennemgå udvalgte eksempler på riboswitches i eubakterier og eukaryoter.
• Forklare hvad SELEX/in vitro evolution metoden indebærer og gennemgå udvalgte eksempler på hvad metoden kan anvendes til.
• Beskrive nye metoder til "high throuput" RNA-kloning og sekventering, herunder "454" sekventering, og RNA-expressionsprofilering.
• Beskrive metoder til at anvende oligonukleotider til fremstilling af biosensorer, herunder molekylære beacons og princippet for "fluorescence resonance energy transfer" (FRET).

Faglige forudsætninger

Videregående biokemi og Videregående molekylærbiologi

Underviser

Ansvarshavende lærer
Navn: Jørgen Kjems
Universitetsadresse: MBI, C.F. Møllers Allé, Byg 1130, 8000 Århus C
Telefonnummer: 8942 2686
E-mail: jk@mb.au.dk

Øvrige lærere
Jesper Bramsen og gæstelærere.

Undervisnings- og arbejdsform

7x2 forelæsninger og studenteroplæg
7x2 teoretiske øvelser /workshop

Materiale: Engelsk
Undervisningssprog: Engelsk/Dansk

Litteratur

Undervisningsmateriale
Original artikler og reviews (udleveres)

Supplerende materiale
Spørgsmål og workshop materialer (udleveres)

Kursushjemmeside

Der henvises til Aarhus Universitets e-learningssider: http://www.aula.au.dk

Eksamensterminer

Eksamen: 2. kvarter
Reeksamen: Efter aftale med faglærer

Udbyder

Molekylærbiologisk Institut

Bedømmelse

• 3 dages skriftlig take-home eksamen på max 5 sider incl. referencer
• 7-trinsskala
• Intern censor