Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Stokastiske modeller i bioinformatik ( efterår 2008 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

  • Uddannelsessprog: engelsk (eller dansk)
  • Niveau: Kandidatkursus
  • Semester/kvarter: 1. kvarter Q1 og
  • Timer per uge: 6
  • Deltagerbegrænsning: Ingen
  • Undervisningssted: Århus
  • Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
  • Udbud ID: 6353

Formål

Deltagerne vil efter dette kursus have indsigt hvordan modeller formuleret som stokastiske processer kan anvendes til at analysere genomsekvenser og andre biologiske problemer samt kendskab til den nødvendige sandsynlighedsteoretiske baggrund for håndtering af disse modeller og praktisk erfaring med programmeringssproget R. Læringsmål Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne: 1. Forklare basale sandsynlighedsteoretiske begreber inden for teorien om Markovkæder. 2. Anvende modeller formuleret som (skjulte) Markovkæder til analyse af DNA-sekvenser. 3. Anvende Markov chain Monte Carlo (MCMC) metoder, specielt Metropolis-Hasting algoritmen og Gibbs sampling. 4. Implementere anvendelser som programmer i R.

Obligatorisk program

Et projekt med skriftlig rapportering

Indhold

Markovprocesser i diskret tid med diskret udfaldsrum, såkaldte markovkæder, bliver introduceret, og deres anvendelse i statistisk analyse beskrives; Markov chain Monte Carlo (MCMC) metoder, specielt Metropolis-Hasting algoritmen og Gibbs sampling, bliver diskuteret; Begrebet skjulte markovmodeller (HMM) bliver præsenteret som et modelleringsredskab, og det bliver anvendt inden for genomanalyse til analyse af geners struktur; Programmeringssproget R bliver præsenteret og anvendes ved computerøvelser.

Faglige forudsætninger

Kursus i basal statistik, matematisk modellering eller lignende

Underviser

Freddy B. Christiansen og Thomas mailund

Undervisnings- og arbejdsform

Forelæsninger (3t/uge) Øvelser (3t/uge)

Litteratur

Tekstbog (W. J. Ewens og G. R. Grant: Statistical Methods in Bioinformatics. Springer-Verlag 2001)

Kursushjemmeside

http://www.birc.au.dk/Studies/SMiB

Udbyder

BiRC - Center for Bioinformatik

Studieordning og bedømmelse


Bacheloruddannelsen i matematik

  • Mundtlig, bedømt efter 7-skala med intern censur


Mundtlig eksamen uden forberedelse (20min), 7 skala, intern censur