[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]
Deltagerne vil efter kurset have detaljeret kendskab til algoritmer til rekonstruktion og sammenligning af evolutionære træer og netværk (fylogenetik) samt forudsigelse af molekylære strukturer (RNA og protein) og praktisk erfaring med implementation af disse algoritmer. Endvidere vil deltagerne efter kurset kunne reflektere over algoritmiske løsninger i aktuelle problemstillinger inden for fylogentik og strukturforudsigelse samt have erfaring med generalisering af disse til selvstændige algoritmiske problemer. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og gennemføre projekter og til at formidle og kommunikere faglige problemstillinger.
To programmeringsprojekter samt fremlæggelse af aktuel forskningsartikel.
Bioinformatik er en tværfaglig disciplin med fokus på udvikling og anvendelse af algoritmer og værktøjer til analyse af biologisk data. Meget effektive bioteknologiske metoder til indsamling af biologisk data betyder, at mængden af tilgængelig data vokser hurtigere end tilgængelig regnekraft. Analyse af den hastigt voksende datamængde kræver derfor særdeles effektive algoritmer og teknikker. Dette kursus dækker centrale algoritmiske problemer og teknikker inden for fylogenetik og strukturforudsigelse. Kurset introducerer de underliggende biologiske spørgsmål og modeller, men fokuserer på de algoritmiske problemer og teknikker i forbindelse med rekonstruktion og sammenligning af fylogenetisk træer og netværk; RNA sekundær-struktur forudsigelse med og uden pseudo-knuder, protein sekundær- og tertiæer-struktur forudsigelse, docking og sammenligning af molekylære-strukturer.
Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:
Algoritmer i Bioinformatik - Sekvenser
Christian Nørgaard Storm Pedersen
Forelæsninger (3t/uge)
Annonceres senere
http://www.daimi.au.dk/~cstorm/courses/AiBTaS
December/januar, reeksamen foregår efter aftale med underviseren
Datalogisk Institut og Center for Bioinformatik
Mundtlig eksamen (20 min) uden forberedelse, 7-skala, intern censur