Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Genomer og Proteinstrukturer (Q2) ( efterår 2010 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

  • Uddannelsessprog: engelsk
  • Niveau: Kandidatkursus
  • Semester/kvarter: Q2
  • Timer per uge: 6  
  • Deltagerbegrænsning: Ingen
  • Undervisningssted: Århus
  • Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
  • Udbud ID: 17151

Formål

Deltagerne vil efter kurset have et indgående kendskab til bioinformatiske metoder til proteinstrukturforudsigelse og funktionsanalyse af proteiner. Deltagerne introduceres til hvilke typer genomdata, der findes, samt hvordan de anvendes i sammenhæng med proteinstrukturforudsigelse, herunder det teoretiske fundament for kvantificering af evolutionære begrænsninger og sekvenshomologi. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og praktisk gennemføre analyse af data, samt formidle og kommunikere faglige problemstillinger.

Obligatorisk program

Aktiv deltagelse i computerøvelser og godkendelse af tre obligatoriske rapporter.

Indhold

Nukleotid- og aminisyresekvenshomologi; sekvensalignment; strukturalignment; fundamentet for proteinsekvensevolution; sekundær og tertiær proteinstrukturforudsigelse; threading (fold recognition), homologimodellering og ab initio bestemmelse af proteinstruktur; analyse af proteinets funktion på baggrund af strukturen; docking; molekyldynamik.

Faglige forudsætninger

Introduktion til bioinformatik eller 3 års molekylærbiologi- eller biologistudium eller tilsvarende.

Underviser

Lea Thøgersen , Mette Lie og Thomas Bataillon.

Undervisnings- og arbejdsform

Forelæsninger (2 x 1 t/uge)
Øvelser (4 t/uge)

Litteratur

Artikler og lærebog (Marketa Zvelebil og Jeremy O. Baum: Understanding bioinformatics, Garland Science Taylor & Francis Group, 2008)

Kursushjemmeside

http://www.birc.au.dk/Studies/GAPS

Eksamensterminer

Ordinær eksamen: Q2
Reeksamen: Efter aftale med faglærer.

Udbyder

Center for Bioinformatik (BiRC)

Tilmelding til undervisning

Via studiekontoret

Læringsmål

Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:

  • Beskrive væsentlige problemstillinger ved forudsigelse af proteinstruktur.
  • Forklare det teoretiske fundament for sekvenshomologi og -alignment.
  • Forklare det teoretiske fundament for proteinstruktur forudsigelse.
  • Diskutere de bioinformatiske metoder til proteinstrukturforudsigelse og funktionsanalyse.
  • Diskutere originallitteratur indenfor området.
  • Anvende bioinformatiske værktøjer inden for de berørte emneområder.

Bedømmelse

Mundtlig eksamen uden forberedelse (20 min), 7-trin skala, intern censur