[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]
Deltagerne vil efter kurset have et indgående kendskab til bioinformatiske metoder til proteinstrukturforudsigelse og funktionsanalyse af proteiner. Deltagerne introduceres til hvilke typer genomdata, der findes, samt hvordan de anvendes i sammenhæng med proteinstrukturforudsigelse, herunder det teoretiske fundament for kvantificering af evolutionære begrænsninger og sekvenshomologi. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og praktisk gennemføre analyse af data, samt formidle og kommunikere faglige problemstillinger.
Aktiv deltagelse i computerøvelser og godkendelse af tre obligatoriske opgaver.
Fremlæggelse af en aktuel videnskabelig artikel.
Nukleotid- og aminosyresekvenshomologi; sekvensalignment; strukturalignment; fundamentet for proteinsekvensevolution; sekundær og tertiær proteinstruktur forudsigelse; threading (fold recognition), homologimodellering og ab initio bestemmelse af protein struktur; analyse af proteinets funktion på baggrund af strukturen; docking; molekyldynamik.
Det obligatoriske forløb vil omfatte generaliseringer og sammenligninger af kendte metoder og teknikker samt krav til reflektion over disses anvendelighed og egenskaber.
Introduktion til bioinformatik eller 3 års molekylærbiologi- eller biologistudium eller tilsvarende.
Lea Thøgersen , Mette Lie og Thomas Bataillon.
Forelæsninger (2 x 1 t/uge).
Øvelser (4 t/uge).
Artikler og lærebog (Marketa Zvelebil og Jeremy O. Baum: Understanding bioinformatics, Garland Science Taylor & Francis Group, 2008).
To udvalgte perspektiverende videnskabelige artikler.
http://www.birc.au.dk/Studies/GAPS
Ordinær eksamen: Q2.
Reeksamen: Efter aftale med faglærer.
Center for Bioinformatik (BiRC).
Via studiekontoret.
Intet.
Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:
Mundtlig eksamen uden forberedelse (30 min), 7-trin skala, intern censur.
