Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Algoritmer i Bioinformatik - Sekvenser (Q1) ( efterår 2011 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

  • Uddannelsessprog: engelsk
  • Niveau: Kandidatkursus
  • Semester/kvarter: Q1
  • Timer per uge: 3
  • Deltagerbegrænsning: Ingen
  • Undervisningssted: Århus
  • Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
  • Udbud ID: 31401

Formål

Deltagerne vil efter kurset have detaljeret kendskab til algoritmer til sammenligning og analyse af biologiske sekvenser (DNA, RNA og protein), og praktisk erfaring med implementation af disse algoritmer. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og gennemføre projekter og til at formidle og kommunikere faglige problemstillinger.

Obligatorisk program

To programmeringsprojekter

Indhold

Bioinformatik er en tværfaglig disciplin med fokus på udvikling og anvendelse af algoritmer og værktøjer til analyse af biologisk data. Meget effektive bioteknologiske metoder til indsamling af biologisk data betyder, at mængden af tilgængelig data vokser hurtigere end tilgængelig regnekraft. Analyse af den hastigt voksende datamængde kræver derfor særdeles effektive algoritmer og teknikker. Dette kursus dækker centrale algoritmiske problemer og teknikker til analyse af biologiske sekvenser. Kurset introducerer de underliggende biologiske spørgsmål og modeller, men fokuserer på algoritmiske problemer og teknikker i forbindelse med sammenligning af to eller flere biologiske sekvenser; søgning i sekvensdatabaser; genstruktur-forudsigelse; og analyse af hele genomer.

Læringsmål

Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:

  • definere og beskrive basale elementer i biologiske sekvenser (DNA, RNA og protein).
  • beskrive og analysere kendte problemstillinger og algoritmer inden for biologisk sekvens analyse.
  • anvende og forklare kendte teknikker til design af algoritmer inden for biologisk sekvensanalyse.
  • implementere og evaluere algoritmer baseret på kendte teknikker inden for biologisk sekvensanalyse.
  • diskutere brugen af kendte algoritmer og teknikker til løsning af mere komplekse problemstillinger inden for biologisk sekvensanalyse.

Faglige forudsætninger

Underviser

Christian Nørgaard Storm Pedersen

Undervisnings- og arbejdsform

Forelæsninger (3t/uge)

Litteratur

Udvalgte forskningsartikler og bogkapitler

Kursushjemmeside

http://www.birc.au.dk/~cstorm/courses/AiBS

Eksamensterminer

Oktober.
Reeksamen: Efter aftale med underviseren

Udbyder

Datalogisk Institut og Center for Bioinformatik

Tilmelding til undervisning

https://mit.au.dk/

 

Bedømmelse

Mundtlig eksamen (20 min) uden forberedelse, 7-skala, ekstern censur