Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Statistiske metoder i bioinformatik ( efterår 2011 - 10 ECTS )

Rammer for udbud

  • Uddannelsessprog: engelsk (eller dansk)
  • Niveau: Kandidat  
  • Semester/kvarter:
  • Timer per uge:
  • Deltagerbegrænsning:
  • Undervisningssted: Århus
  • Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
  • Udbud ID: 33372

Formål

Statistiske metoder spiller en vigtig rolle inden for mange områder af bioinformatik. I flere tilfælde har bioinformatiske problemstillinger decideret drevet udviklingen af nye statistiske metoder og emner i anvendt sandsynlighedsteori. Bioinformatik er et tværvidenskabeligt forskningsområde i en rivende udvikling, der drives af bioteknologiske landvindinger. Der er et stort behov for at personer med en solid statistisk viden engagerer sig i analyser af biomedicinske data. Formålet med kurset er at give en fundamental forståelse for data, statistiske metoder og problemstillinger i bioinformatik.

 

Obligatorisk program

Tre afleveringsopgaver.

 

Indhold

I kurset vil vi gennemgå statistiske metoder og sandsynlighedsteoretiske emner, der har haft afgørende betydning for hvordan vi i dag indsamler og analyserer biomedicinske data. Kurset indeholder emnerne shotgun sequencing, BLAST, skjulte Markov kæder, Markov kæder i kontinuert tid og metoder til at rekonstruere evolutionære træer. Hvert emne tager udgangspunkt i den bioinformatiske problemstilling. Vi vil endvidere anvende bioinformatisk software som f.eks. MEGA, ClustalW og Ape. Endvidere vil vi bruge den statistiske programpakke R.

 

Faglige forudsætninger

 

 

Underviser

Asger Hobolth.

 

Undervisnings- og arbejdsform

Forelæsninger (1+2 t/uge), computer- og teoretiske øvelser (3 t/uge).

 

 

Litteratur

Ewens, W.J. og Grant, G.R. (2005). Statistical methods in Bioinformatics. Springer.

 

 

Kursushjemmeside

http://www.birc.au.dk/Studies/SMiB

 

Eksamensterminer

Eksamen: Q2
Reeksamen: Efter aftale med underviser.

 

Udbyder

Center for Bioinformatik (BiRC).

 

Tilmelding til undervisning

Se mit.au.dk.

 

Læringsmål

Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:

  • Definere og beskrive basale elementer i analysen af biomedicinske data.
  • Beskrive og analysere kendte problemstillinger og statistiske metoder der er centrale i analysen af biomedicinske data.
  • Anvende og forklare statistiske metoder og bioinformatisk software til analyse af særlige former for biomedicinske data.
  • Implementere og evaluere statistiske metoder baseret på kendte teknikker inden for analyse af biomedicinske data.
  • Diskutere brugen af kendte statistiske metoder og teknikker til løsning af mere komplekse problemstillinger i forbindelse med analyse af biomedicinske data.

 

Bedømmelse

  • Skriftlig, bedømt efter 7-skala med ekstern censur
    • 5 xxxxx

Kurset afsluttes med en 4-timers skriftlig eksamen. De studerende medbringer (eller får udleveret) computer med software til analyse af biomedicinske data. Eksamen omfatter bl.a. analyse af et datasæt, der udleveres. Bedømmelse efter 7-trins skala, ekstern censur.