Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Molekylær mikrobiel økologi (Q2) ( efterår 2011 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

  • Uddannelsessprog: engelsk
  • Niveau: Kandidatkursus
  • Semester/kvarter: 2. kvarter
  • Timer per uge: 9
  • Deltagerbegrænsning: Maks. 12, min. 3
  • Undervisningssted: Århus
  • Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
  • Udbud ID: 31506

Formål

Teoretisk og praktisk introduktion til molekylære analyser af mikrobielle samfund i miljøet

Obligatorisk program

Hele kursus undtaget seminarer

Indhold

Teori & computer øvelser :

  • Den "molekylære revolution" i mikrobiel økologi; mikrobiel diversitet; microbial diversity; "The rRNA approach"
  • Moderne (molekylære) strategier til at identificere og kvantificere mikroorganismer og deres aktivitet i naturen
  • Arbejde med gen databaser, klonbiblioteker og genetiske fingeraftryk
  • Litteratur og web søgning efter gen prober; design og evaluering af gen prober

Laboratorium øvelser :

  • Analyse af et mikrobielt samfund: DNA ekstraktion, PCR, kloning, sekvens analyse
  • Fluorescens in situ hybridisering (FISH, CARD-FISH)
  • Genetisk fingeraftryk

Studenteroplæg :

  • præsentation af en videnskabelig artikel (individuelt)
  • fremlægning af resultaterne fra LØ (gruppepræsentation)

Seminar serie med inviterede gæsteforsker udefra (ikke obligatorisk):

  • Hot topics" i (molekylær) mikrobiel økologisk forskning

Læringsmål

Efter kurset forventes deltagerne at kunne:

  • Gennemføre molekylære analyser (PCR, kloning, sekvensanalyser, FISH, genetiske fingeraftryk) af mikroorganismer i miljøprøver.
  • Identificere og kvantificere nøgleorganismer i mikrobielle samfund.
  • Redegøre for fordele og ulemper af de forskellige molekylære metoder.
  • Anvende koncepterne af molekylær mikrobiel økologi for at løse problemstillinger i mikrobiel økologi.

Faglige forudsætninger

Bachelor niveau kendskab til mikrobiologi og molekylærbiologi

Bemærk: kurset er på master niveauet!

Underviser

Andreas Schramm og Kasper Urup Kjeldsen

Undervisnings- og arbejdsform

Laboratorieøvelser med integrerede forelæsning og studenterpræsentationer (2 x 4 timer per uge i 7 uger). Sideløbende (ikke obligatorisk) ca. 1 time seminar per uge.

Litteratur

Madigan, Martinko, Dunlap, Clark: Brock, Biology of Microorganisms, Prentice-Hall, 12th edition.

Desuden udleverede noter og artikler.

Kursushjemmeside

www.aula.au.dk

Eksamensterminer

Ordinær eksamen: 2. kvarter

Reeksamen: Efter aftale med faglærer

Udbyder

Institut for Bioscience



 



 

Bedømmelse

  • Rapport over laboratorium projekt (50%)
  • Mundtlig eksamen (30 minutter) med 30 minutters forberedelse med hjælpemidler i form af bog, kompendium, rapporter og noter. Under eksamen giver den studerende en kritisk gennemgang af en udleveret problemstilling og der tages udgangspunkt i de teoretiske og praktiske færdigheder, som den studerende har opnået gennem kurset. Der kan endvidere stilles spørgsmål til pensum (50%).
  • 7-trinsskalaen
  • Ekstern censor