Molekylær mikrobiel økologi (Q2) - Honours ( efterår 2011 - 5 ECTS )
Rammer for udbud
-
Uddannelsessprog:
engelsk
-
Niveau:
Kandidatkursus, Honourskursus
-
Semester/kvarter:
2. kvarter
-
Timer per uge:
9
-
Deltagerbegrænsning:
Maks. 12, min. 3
-
Undervisningssted:
Århus
-
Hovedområde:
Det Naturvidenskabelige Fakultet
-
Udbud ID:
31512
Formål
Indgående teoretisk og praktisk introduktion til molekylære analyser af mikrobielle samfund i miljøet
Obligatorisk program
Hele kurset inklusive seminarserien
Indhold
Teori & computer øvelser
:
-
Den "molekylære revolution" i mikrobiel økologi; mikrobiel diversitet; microbial diversity; "The rRNA approach"
-
Moderne (molekylære) strategier til at identificere og kvantificere mikroorganismer og deres aktivitet i naturen
-
Arbejde med nukleotidsekvensdatabaser, klonbiblioteker, genetiske fingeraftryk og fylogenetiske analyser
-
Meta-analyse af alle data genereret på tværs af grupper under kurset
-
Litteratur og web søgning efter gen prober; design og evaluering af gen prober
Laboratorium øvelser
:
-
Analyse af et mikrobielt samfund: DNA ekstraktion, PCR, kloning, sekvens analyse
-
Fluorescens in situ hybridisering (FISH, CARD-FISH)
-
Genetisk fingeraftryk
Studenteroplæg
:
-
Præsentation af en videnskabelig artikel (individuelt)
-
Fremlægning af resultaterne fra LØ (gruppepræsentation)
Seminar serie med inviterede gæsteforskere udefra:
-
Hot topics" i (molekylær) mikrobiel økologisk forskning
Læringsmål
Efter kurset forventes deltagerne at kunne:
-
Gennemføre molekylære analyser (PCR, kloning, sekvensanalyser, FISH, genetiske fingeraftryk) af mikroorganismer i miljøprøver.
-
Identificere og kvantificere nøgleorganismer i mikrobielle samfund.
-
Analysere større datasæt, vurdere deres validitet, samt fortolke resultaterne i en bredere økologisk sammenhæng.
-
Redegøre for de forskellige molekylære metoders fordele og ulemper.
-
Anvende molekylær mikrobiel økologiske koncepter til at løse problemstillinger i mikrobiel økologi.
Faglige forudsætninger
Bachelor niveau kendskab til mikrobiologi og molekylærbiologi
Bemærk: kurset er på master niveauet!
Underviser
Andreas Schramm
og Kasper Urup Kjeldsen
Undervisnings- og arbejdsform
Laboratorieøvelser med integrerede forelæsninger og studenterpræsentationer (2 x 4 timer per uge i 7 uger). Sideløbende ca. 1 times seminar per uge.
Litteratur
Madigan, Martinko, Dunlap, Clark: Brock, Biology of Microorganisms, Prentice-Hall, 12th edition.
Desuden udleverede noter og artikler.
Kursushjemmeside
www.aula.au.dk
Eksamensterminer
Ordinær eksamen: 2. kvarter
Reeksamen: Efter aftale med faglærer
Udbyder
Biologisk Institut
Bedømmelse
-
Rapport over laboratorieøvelser med krav om minimum 5-siders introduktion (review) om principper i molekylær mikrobiel økologi samt analyse og fortolkning af de samlede kursusdata (50%).
-
Mundtlig eksamen (30 minutter) med 30 minutters forberedelse med hjælpemidler i form af bog, kompendium, rapporter og noter. Under eksamen giver den studerende en kritisk gennemgang af en udleveret problemstilling med udgangspunkt i de teoretiske og praktiske færdigheder, som den studerende har opnået gennem kurset. Der kan endvidere stilles spørgsmål til pensum (50%).
-
7-trinsskalaen
-
Ekstern censor
