AU kursuskatalog arkiv

Algoritmer i Bioinformatik - Træer og Strukturer (Q2) (Honours) ( efterår 2011 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

• Uddannelsessprog: engelsk
• Niveau: Kandidatkursus
• Semester/kvarter: Q2
• Timer per uge: 3
• Deltagerbegrænsning: Ingen
• Undervisningssted: Århus
• Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
• Udbud ID: 31415

Formål

Deltagerne vil efter kurset have detaljeret kendskab til algoritmer til rekonstruktion og sammenligning af evolutionære træer og netværk (fylogenetik) samt forudsigelse af molekylære strukturer (RNA og protein) og praktisk erfaring med implementation af disse algoritmer. Endvidere vil deltagerne efter kurset kunne reflektere over algoritmiske løsninger i aktuelle problemstillinger inden for fylogentik og strukturforudsigelse samt have erfaring med generalisering af disse til selvstændige algoritmiske problemer. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og gennemføre projekter og til at formidle og kommunikere faglige problemstillinger.

Obligatorisk program

To programmeringsprojekter samt fremlæggelse af aktuel forskningsartikel.

Indhold

Bioinformatik er en tværfaglig disciplin med fokus på udvikling og anvendelse af algoritmer og værktøjer til analyse af biologisk data. Meget effektive bioteknologiske metoder til indsamling af biologisk data betyder, at mængden af tilgængelig data vokser hurtigere end tilgængelig regnekraft. Analyse af den hastigt voksende datamængde kræver derfor særdeles effektive algoritmer og teknikker. Dette kursus dækker centrale algoritmiske problemer og teknikker inden for fylogenetik og strukturforudsigelse. Kurset introducerer de underliggende biologiske spørgsmål og modeller, men fokuserer på de algoritmiske problemer og teknikker i forbindelse med rekonstruktion og sammenligning af fylogenetisk træer og netværk; RNA sekundær-struktur forudsigelse med og uden pseudo-knuder, protein sekundær- og tertiæer-struktur forudsigelse, docking og sammenligning af molekylære-strukturer.

Læringsmål

Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:

• definere og beskrive basale elementer i fylogenetiske træer/netværk samt molekylære strukturer (RNA og protein),
• beskrive og analysere kendte problemstillinger og algoritmer inden for fylogenetik og strukturforudsigelse,
• anvende og forklare kendte teknikker til design af algoritmer inden for fylogenetik og strukturforudsigelse,
• implementere og evaluere algoritmer baseret på kendte teknikker inden for fylogenetik og strukturforudsigelse,
• diskutere brugen af kendte algoritmer og teknikker til løsning af mere komplekse problemstillinger inden for fylogenetik og strukturforudsigelse.
• reflektere over brugen af algoritmiske løsninger i aktuelle problemstillinger inden for fylogenetik og strukturforudsigelse.
• generalisere brugen af algoritmiske løsninger i aktuelle problemstillinger inden for fylogenetik og strukturforudsigelse til selvstændige algoritmiske problemer.

Faglige forudsætninger

Algoritmer i Bioinformatik - Sekvenser

Underviser

Christian Nørgaard Storm Pedersen

Undervisnings- og arbejdsform

Forelæsninger (3t/uge)

Litteratur

Annonceres senere

Kursushjemmeside

http://www.daimi.au.dk/~cstorm/courses/AiBTaS

Eksamensterminer

December/januar,  reeksamen foregår efter aftale med underviseren

Udbyder

Datalogisk Institut og Center for Bioinformatik

Tilmelding til undervisning

https://mit.au.dk/

Bedømmelse

Mundtlig eksamen (20 min) uden forberedelse, 7-skala, ekstern censur