[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]
Kurset har til formål at give deltagerne et grundlæggende kendskab til metoder og praktisk anvendelse af disse til analyse af sekvens, struktur og expressionsdata.
Computerøvelser og godkendelse af 6 opgaver
Ved forelæsningerne vil det teoretiske fundament for grundlæggende bioinformatiske metoder blive præsenteret med udgangspunkt i de forskellige typer af biologisk data. Dette inkluderer gennemgang af basale algoritmer. Desuden vil væsentlige værktøjer til analyse blive præsenteret og diskuteret og konkrete anvendelser af disse demonstreret. Øvelserne vil fokusere på praktisk anvendelse af programmer til løsning af bioinformatiske spørgsmål og teori vil blive diskuteret med udgangspunkt i dette. Følgende emne områder vil blive gennemgået:· Databaser, konstruktion og praktisk navigation - informationssøgning.· Sekvenssammenligning, alignment, alignment programmer· Phylogenetisk analyse, konstruktion af træer, hypotesetestning vha. phylogenetiske metoder· Genomanalyse og genomevolution. Programmer til genfinding og genomannnotering. miRNA
· RNA struktur og proteinstruktur. Programmer til forudsigelse af sekundær strukturer.
· Netværksanalyse, Genetisk variationsdata. Associationskortlægning og farmacogenetik
Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne: · redegøre for centrale bioinformatiske anvendelsesområder· redegøre for basale forskelle i kendte modeller og metoder til analyse af biologiske data· anvende kendte bioinformatiske programmer· fortolke resultater opnået ved anvendelse af bioinformatiske programmer · vurdere pålidelighed af resultater opnået ved anvendelse af bioinformatiske programmer
2 år af bachelorstudie bestået
Søren Thirup (Molekylærbiologi), Palle Villesen (Center for Bioinformatik), Christian N.S. Pedersen (Center for Bioinformatik)
3 F/uge + 4 TØ/SØ/uge i 7 uger i 1. kvarter. Forelæsninger over lærebog og originallitteratur, inviterede foredragsholdere, studenterpræsentationer, samt computerøvelser og opgaveregning til TØ.
Sprog:
Materiale: engelsk
Undervisningssprog: dansk
M. Zvelebil & J. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science 2007
Supplerende materiale: Originalartikler samt oversigtsartikler
Ordinær eksamen: efter 1. kvarter
Placering: Uge 41, 2011
Reeksamen: Efter 2. kvarter (januar)
Kurset udbydes som samarbejde mellem Institut for Molekylærbiologi og Genetik og Institut for Bioscience, Center for Bioinformatik
Kurset indgår på nanoteknologi, molekylærbiologi, og bioinformatik-uddannelserne som obligatorisk kursus, og som valgfrit modul på biologi.
3. år
