Matematiske modeller i systembiologi ( forår 2008 - 5 ECTS )
Rammer for udbud
-
Uddannelsessprog:
(se under Undervisnings- og arbejdsform)
-
Niveau:
Valgfri overbygning
-
Semester/kvarter:
Q3 i 2008
-
Timer per uge:
-
Deltagerbegrænsning:
-
Undervisningssted:
Århus
-
Hovedområde:
Det Naturvidenskabelige Fakultet
-
Udbud ID:
8135
Formål
Deltagerne vil efter dette kursus have indsigt i teknikker til modellering af dynamikken i biologiske systemer, herunder distinktionen mellem et system og dets komponenter, og i hvordan et systems adfærd afhænger af mere end de enkelte komponenter alene. Kursets arbejdsform vil også træne deltagernes evne til at planlægge og gennemføre projekter samt formidle og kommunikere faglige problemstillinger.
Obligatorisk program
To projekter
Indhold
Biologiske systemer som celler, regulatoriske gen-netværk og proteininteraktionskomplekser kan ikke forstås ud fra betragtninger over de enkelte komponenter (gener, mRNA, proteiner etc.) alene, men må forstås ud fra overvejelser, der involverer alle komponenter samtidigt. Det stiller naturligt store krav til hvordan vi anskuer systemet. Systembiologi omhandler modellering af dynamikken i biologiske systemer på et "systemniveau", det vil sige, modelleringen af alle interaktioner af komponenterne i et system og ikke blot isolerede egenskaber ved komponenterne. Dette kursus vil præsentere matematiske teknikker til modellering af dynamiske modeller i denne kontekst, med hovedfokus på stokastisk modellering og på computersimulation til analyse af dynamiske systemer.
Læringsmål
Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne: (1) Beskrive og implementere simple systembiologiske modeller. (2) Anvende computerimplementeringer af systembiologiske modeller til gennemførelse af beregninger og relatere disse beregninger til virkelige data. (3) Forklare og diskutere brugen af modeller i systembiologi.
Faglige forudsætninger
Matematisk modellering eller lignende
Underviser
Thomas Mailund og Carsten Wiuf
Undervisnings- og arbejdsform
Forelæsninger (2+1t/uge)
Litteratur
Tekstbog (Wilkinson, Stochastic Modelling for Systems Biology, Chapman & Hall/CRC, 2006)
Kursushjemmeside
http://www.birc.au.dk/Studies/MMiSB
Eksamensterminer
Ordinær eksamen: Q3 Reeksamen: Efter aftale
Udbyder
Center for Bioinformatik (BiRC)
Adgangskrav
Se Forudsætningskrav
Tilmelding til undervisning
Via studiekontoret
Bedømmelse
-
Mundtlig, bedømt efter 7-skala med intern censur
5 xxxxx
Mundtlig eksamen uden forberedelse (20min), 7 skala, intern censur
