Proteomanalyse ( efterår 2007 - 10 ECTS )
Rammer for udbud
-
Uddannelsessprog:
(se under Undervisnings- og arbejdsform)
-
Niveau:
Overbygningskursus
-
Semester/kvarter:
Sommerperiode (august). 2 uger (30-40 timer/uge)
-
Timer per uge:
-
Deltagerbegrænsning:
Kurset er begrænset til 12 deltagere.
-
Undervisningssted:
Århus
-
Hovedområde:
Det Naturvidenskabelige Fakultet
-
Udbud ID:
5655
Formål
Formålet med kurset er at tilvejebringe en teoretisk og praktisk forståelse af de enkelte elementer som benyttes ved proteomanalyse.
Obligatorisk program
Hele kurset.
Indhold
Kurset består af en praktisk del hvor der foretages analyser i laboratoriet samt en teoretisk del bestående af kollokvier og foredrag. Ved den praktiske del af kurset benyttes blandt andet 2D-gelelektroforese og proteinoprensning samt en række forskellige applikationer af massespektrometri. De opnåede resultater og de anvendte teknikker vil løbende blive diskuteret.
Læringsmål
Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:
-
Redegøre for separation af proteiner ved hjælp af 2D gel elektroforese og beskrive faktorer som kan påvirke separationen.
-
Redegøre for princippet ved "in-gel digestion" - herunder valg af protease.
-
Beskrive og sammenligne ioniseringsteknikker anvendt ved massespektrometrisk analyse af intakte proteiner og peptider - herunder MALDI og elektrospray
-
Beskrive principper ved LC-MS analyser.
-
Beskrive principperne for massebestemmelse ved hjælp af en quadrupol og en time-of-flight analysator.
-
Redegøre for de principper der anvendes ved tandem massespektrometri (MS/MS) herunder "collision-induced dissociation" og "post-source decay".
-
Redegøre for protein identifikation ved hjælp af "peptide mass fingerprinting" - herunder de variable som kan anvendes ved databasesøgning.
-
Redegøre for hvorledes man genererer kvantitative data ved proteomanalyse.
-
Analysere og fortolke de data som er generet under den praktiske del af kurset og sammenligne disse data med
info
rmation fra den teoretiske del af kurset.
Faglige forudsætninger
3 års biologi-/molekylærbiologistudier.
Underviser
Ansvarshavende lærer
Navn: Jan J. Enghild
Institutadresse: Molekylærbiologisk Institut, Forskerparken, Bygning 4, rum 1.12, Gustav Wieds Vej 10C, 8000 Århus C
Telefonnummer: 8942 5062
E-mail:
jje@mb.au.dk
Andre lærere
Steen Vang Petersen
Undervisnings- og arbejdsform
Kollokvier med præsentationer, foredrag og gæsteforelæsere. Materiale: Engelsk
Undervisningssprog: Dansk / Engelsk
Litteratur
Lærebog: Principles of Proteomics
Forfatter: R. M. Twyman
Forlag: Bios Scientific Publishers Bios Scientific Publishers
ISBN: 1 85996 273 4
Det forventes at de studerende har læst kapitlerne: Kap. 1, 2, 3, 4, 5, 8, 9, 10 inden kursusstart. Kap. 6 og 7 læses kursorisk.
Ved kursusstart udleveres yderligere materiale i form af originallitteratur
Kursushjemmeside
Der henvises til Aarhus Universitets e-learningssider:
http://www.aula.au.dk
og
www.enghild-lab.dk
Eksamensterminer
Reeksamen: Efter aftale med faglærer
Udbyder
Molekylærbiologisk Institut
Bedømmelse
-
Aflevering af rapport
-
Bedømt efter 7-trinsskala
-
Ekstern censur
