Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Medicinsk genomanalyse ( forår 2009 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

  • Uddannelsessprog: dansk
  • Niveau: Obligatorisk grundkursus
  • Semester/kvarter: Q4 i
  • Timer per uge: Forelæsninger (1t+1t/uge) Øvelser (4t/uge) (1 t artikeldiskussion + 3 t computerøvelser)
  • Deltagerbegrænsning: Ingen
  • Undervisningssted: Århus
  • Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
  • Udbud ID: 12954

Formål

Deltagerne vil gennem projektarbejde opnå et indgående kendskab til udvalgte emner inden for genomanalyse. Emnerne sigter på anvendelser inden for medicinsk forskning og medicinindustrien. Dette indbefatter kendskab til hvilke typer genomdata der findes, hvorledes de forskellige typer data kan analyseres og hvilke anvendelsesmuligheder der findes. Kursets arbejdsform vil træne deltagernes evne til at planlægge og udføre dataanalyse samt formidle og kommunikere faglige problemstillinger og resultater.

Obligatorisk program

Aktiv deltagelse i øvelser og godkendelse af to obligatoriske opgaver.

Indhold

Kurset er organiseret som to projekter :

  • Associationskortlægning af sygdomsgener ud fra SNP data. Projektet vil omfatte formattering af data (phyton), filtrering, PLINK analyse, pathway analyse og rapportskrivning.
  • Cancerdiagnostic vha. microarraydata. Projektet vil omfatte formatering og filtrering af data (python), identifikation af egnede classifiers gener, clustering og klassifikation af patientprøver samt rapportskrivning.

 

Indenfor hvert projekt vil der blive fokuseret på de anvendte teorier og metoder og hver uge vi vil læse baggrundsartikler. Endelig lægges der vægt på 'Integrative Analysis' - analyser hvor der gøres brug af flere datatyper eller hvor data kobles til information fra databaser vedr. funktion, pathways eller anden genomisk annotering.

Faglige forudsætninger

Kurserne Introduktion til bioinformatik og Anvendt Programmering

Underviser

Palle Villesen Fredsted og Carsten Wiuf

Undervisnings- og arbejdsform

Forelæsninger (1t+1t/uge) Øvelser (4t/uge) (1 t artikeldiskussion + 3 t computerøvelser)

Dansk

Litteratur

Original artikler. Følgende grundbog kan benyttes som reference: Marketa Zvelebil og Jeremy O. Baum: Understanding bioinformatics, Garland, Science Taylor & Francis Group, 2008

Kursushjemmeside

http://www.birc.au.dk/Studies/MGA

Eksamensterminer

Q4

Udbyder

Center for Bioinformatik (BiRC)

Tilmelding til undervisning

Via selvbetjeningen

Læringsmål

Deltagerne skal ved afslutningen af kurset kunne:

  • Beskrive væsentlige problemstillinger i analysen af genomdata
  • Forklare det teoretiske fundament for genomanalyse
  • Forklare anvendelser i medicinske sammenhænge
  • Diskutere originallitteratur indenfor området
  • Anvende bioinformatiske værktøjer inden for de berørte emneområder

Studieordning og bedømmelse


Bacheloruddannelsen i molekylær medicin

  • Mundtlig, bedømt efter 7-skala med intern censur


Mundtlig eksamen uden forberedelse (20min), 7 skala, intern censur