Vær opmærksom på at dette website indeholder et arkiv med historiske data. Det aktuelle kursuskatalog findes på kursuskatalog.au.dk

AU kursuskatalog arkiv

[Forside] [Hovedområder] [Perioder] [Udannelser] [Alle kurser på en side]

Nukleinsyrers strukturbiologi ( forår 2009 - 10 ECTS )

Rammer for udbud

  • Uddannelsessprog: engelsk (eller dansk)
  • Niveau: Kandidatkursus
  • Semester/kvarter: 3. og 4. kvarter.
  • Timer per uge: 6
  • Deltagerbegrænsning: Højst 24 deltagere. Minimum 6 tilmeldte kræves for kursets afholdelse.
  • Undervisningssted: Århus
  • Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
  • Udbud ID: 13720

Formål

Kurset har til formål at give deltagerne en dyberegående indsigt i nukleinsyrers konformation og funktion fra nukleotidniveau til højereordens strukturer, samt at belyse hvordan nukleinsyrer genkendes og fungerer i biologiske systemer.

Obligatorisk program

Eksamen forudsætter deltagelse i TØ og computerøvelser samt mindst én studenterpræsentation ved artikelkollokvier.

.

 

Indhold

Med udgangspunkt i den klassiske dobbelthelix udbygges indsigten i nukleinsyrers konformation med en detaljeret beskrivelse af fleksibilitet, topologi og organisation fra det molekylære til det cellulære plan. Herunder bl.a. basens og sukkergruppens konformationer, forskellige isoformer af DNA, base-mismatches, supercoiling og højereordens struktur af kromatin og genomer. Dernæst fokuseres der på forskellene mellem DNA og RNA, samt RNAs konformationer og funktioner i biologien, bl.a. transfer-, ribosomal- og messenger-RNA, RNA-strukturmotiver, ribozymer og ribosomet. Kurset dækker også biologisk og kemisk syntese af nukleinsyrer samt syntetisk modifikation af nukleinsyrer. Kurset indeholder desuden en beskrivelse af både non-kovalente og kovalente modifikationer af nukleinsyrer, både naturligt forekommende samt dem, der anvendes eksperimentelt i laboratoriet, herunder bl.a. DNA-metylering og epigenetik, RNA-editing, RNA cross-linking, radikalprobning og protein foot-printing. Herudover vil interaktioner mellem nukleinsyrer og små og store molekyler, bl.a. interaktioner med vand, ioner, interkalerende molekyler, og specifik og non-specifik genkendelse af proteiner blive behandlet.

Læringsmål

Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:

 

· beskrive struktur og konformation af nukleinsyrer (DNA & RNA) fra det molekylære til det cellulære niveau, og anvende de strukturelle parametre, der definerer dette til simple beregninger.

· sammenfatte metoder til syntese af nukleinsyrer, både biologisk forekommende såvel som syntetiske samt angive simple metoder til syntetisk modifikation af nukleinsyrer.

· beskrive eksperimentelle metoder til probning og bestemmelse af nukleinsyrers struktur og forklare deres individuelle styrker og svagheder.

· argumentere for hvordan proteiner kan genkende nukleinsyrer og analysere protein-nukleinsyreinteraktioner baseret på strukturelle data.

· forklare virkningen af kemiske stoffer, der interagerer kovalent og ikke-kovalent med nukleinsyrer, samt forudsige virkningen af ukendte stoffer. Beskrive de cellulære og fysiologiske effekter af modifikationer fra sådanne stoffer, samt vurdere deres anvendelighed som medicinske præparater.

· beskrive og analysere måder, hvorpå RNA kan have en aktiv katalytisk rolle i biokemiske reaktioner, og generalisere disse. Forklare forskellige biologiske funktioner af ikke-kodende RNA.

· analysere originale videnskabelige data og bedømme deres relevans og relation til det kendte stof, specielt med henblik på strukturelle informationer.

· diskutere, kritisere og konkludere med baggrund i forelagte videnskabelige data, specielt med henblik på strukturelle informationer.

 

Faglige forudsætninger

Enten Videregående biokemi eller Videregående molekylærbiologi (tilmeldt eller bestået eksamen).

Underviser

Ansvarlig faglærer
Navn: Ditlev E. Brodersen
Universitetsadresse: MBI, Forskerparken, bygning 3120 (barak 12), Gustav Wieds Vej 10C, 8000 Århus C
Telefon: 8942 5259
E-mail: deb@mb.au.dk

Øvrige undervisere

Mikkel Fog Jacobsen (Kemisk Institut) og Anette Thyssen Jonstrup

Undervisnings- og arbejdsform

2 F + 4 TØ pr. uge fordelt på 3. og 4. kvarter. Forelæsninger over lærebog og originallitteratur, inviterede foredragsholdere, studenterpræsentationer, samt computerøvelser og opgaveregning til TØ.

Sprog:  

Materiale: Engelsk
Undervisningssprog: Dansk hvis der kun er tilmeldt dansktalende studerende ellers engelsk.

Litteratur

Lærebog: NUCLEIC ACIDS IN CHEMISTRY AND BIOLOGY, 3. udgave, 2006
Forlag: Royal Society of Chemistry Publishing
ISBN: 0 85404 654 2

Kursuskompendium

Kursushjemmeside

Der henvises til Aarhus Universitets e-learningsider: http://www.aula.au.dk

Eksamensterminer

Ordinær eksamen: Efter 4. kvarter.
Reeksamen: August

Udbyder

Molekylærbiologisk Institut

Studieordning og bedømmelse


Kandidatuddannelsen i medicinalkemi

  • Skriftlig, bedømt efter 7-skala med ekstern censur


  • 4-timers skriftlig eksamen med alle sædvanlige hjælpemidler
  • Bedømmelse efter 7-trinsskalaen
  • Ekstern censur
  • Kurset kan benyttes som grundlag for den skriftlige bacheloropgave