Anvendt proteomanalyse (Q3) ( forår 2011 - 5 ECTS )
Rammer for udbud
-
Uddannelsessprog:
engelsk (eller dansk)
-
Niveau:
Bachelorkursus
-
Semester/kvarter:
3. kvarter
-
Timer per uge:
4
-
Deltagerbegrænsning:
-
Undervisningssted:
Århus
-
Hovedområde:
Det Naturvidenskabelige Fakultet
-
Udbud ID:
26019
Formål
Formålet med kurset er, at skabe forståelse, hos de studerende på kurset, for de metoder og tendenser, som præger moderne proteomanalyse.
Indhold
Kurset giver et overblik over de metoder der anvendes til proteomanalyse, og hvilke videnskabelige problemstillinger teknologien kan adressere. Følgende emner vil blive behandlet:
-
Identifikation af proteiner med masse spektrometri.
-
Proteinseparation kombineret med massespektrometri: 1) 2D gel-baseret proteomanalyse og anvendte visualiserings teknikker, og 2) LC-baserede metoder, herunder MUDPIT.
-
Kvalitativ proteomics.
-
Kvantitativ proteomics.
-
Targeted" proteomics.
-
Anvendelse af proteomanalyse.
Faglige forudsætninger
Almen biokemi og Videregående biokemi.
Underviser
Ansvarshavende lærer
Navn: Jan J. Enghild
Institutadresse: Molekylærbiologisk Institut, Forskerparken, Bygning 4, rum 1.12, Gustav Wieds Vej 10C, 8000 Århus C
Telefonnummer: 8942 5062
E-mail:
jje@mb.au.dk
Andre lærere
Carsten S. Sonne-Schmidt og Kristian Wejse Sanggaard
Undervisnings- og arbejdsform
4 timers undervisning per uge i 7 uger. Kurset vil bestå af en kombination af forelæsninger og kollokvier/teoretiske øvelser.
Litteratur
Kurset vil tage udgangspunkt i originallitteratur.
Kursushjemmeside
Der henvises til Aarhus Universitets e-learningssider:
http://www.aula.au.dk/
Eksamensterminer
Eksamen: Efter 3. kvarter
Reeksamen: Efter aftale med ansvarlig faglærer
Udbyder
Molekylærbiologisk Institut
Læringsmål
Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:
-
Forklare hvordan protein identifikation foretages ved hjælp af MS og MS/MS analyser.
-
Redegøre for de to mest brugte ioniseringsteknikker indenfor biologisk masse spektrometri.
-
Beskrive de grundlæggende principper bag masseanalysatorer delen af moderne massespektrometere til analyse af biologiske makromolekyler.
-
Sammenligne forskellige udvalgte moderne massespektrometere på følgende parametre: Følsomhed, opløsning ("resolution"), præcision og analysehastighed.
-
Beskrive brugen af databaser i forbindelse med proteinidentifikation ud fra masse spektrometriske data.
-
Beskrive 2D gel elektroforese teknikken, herunder visualiseringsmetoder.
-
Beskrive LC-baserede proteomics teknikker.
-
Forklare principperne bag kvantitative proteomics metoder.
-
Redegør for MS/MS-baseret sekventering ved hjælp af "Chemical-assisted fragmentation", herunder kunne forklare begrebet
de-novo
sekventering og dets anvendelsesmuligheder.
-
Beskrive MRM-teknikken og dens anvendelse i relation til identifikation og validering af biomarkører.
-
Vurdere hvilken type masse spektrometer som vil være hensigtsmæssig at bruge i relation til en given proteomprojekt-relateret problemstilling.
-
Diskutere anvendelsesmuligheder af 2D-gel-baseret proteomics og alternativer til denne metoder.
-
Forklare og diskutere indholdet af videnskabelige artikler indenfor proteomanalyse feltet.
Bedømmelse
-
2 timers skriftlig eksamen med "alle sædvanlige hjælpemidler dvs. incl. lommeregner, men ikke computer"
-
Bedømt efter 7-trins skalaen
-
Ekstern censur
