AU kursuskatalog arkiv

Strukturbiologi - Honours (Q4) ( forår 2011 - 10 ECTS )

Rammer for udbud

• Uddannelsessprog: engelsk (eller dansk)
• Niveau: Kandidatkursus
• Semester/kvarter: 4. kvarter
• Timer per uge: 9-11 (Se Undervisnings- og arbejdsform)
• Deltagerbegrænsning: Ingen
• Undervisningssted: Århus
• Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
• Udbud ID: 25756

Formål

Formålet med kurset er at give den studerende en indgående viden om makromolekylære struktur og opbygge evnen til at analysere og vurdere strukturelle forskningsresultater. Desuden opnås en forståelse af, hvordan strukturel analyse kan benyttes som led i en række molekylærbiologiske og biokemiske forskningsprojekter.

Obligatorisk program

Computerøvelser samt mindst én fremlæggelse ved kollokvier

Indhold

Strukturbiologien er en hjørnesten i biokemi og molekylærbiologi, og kurset giver de studerende en dybtgående indsigt i hvorledes strukturel analyse af makromolekyler kan forklare en lang række centrale arkitektoniske, funktionelle og mekanistiske principper i cellebiologien. Dertil opnås basal indsigt i hvorledes strukturbiologiske resultater kan anvendes til udvikling af f.eks. lægemidler og forbedrede enzymer, hvilket er centrale fokusområder for bioteknologisk industri. Der bygges videre på grundlæggende strukturbiologiske indsigt opnået på bl.a. Almen biokemi og Videregående biokemi, og de studerende får herved en omfattende teoretisk såvel som praktisk indsigt i, hvordan man analyserer og formidler strukturel information af makromolekyler og hvordan faget indgår i sammenhæng med andre discipliner.

Der fokuseres i kurset på fem emneområder som introduceres og perspektiveres og endeligt analyseres i molekylær detalje, hvoraf mekanistiske, (pato)fysiologiske, genetiske og evolutionære perspektiver fremkommer. Der  inddrages tillige originallitteratur.

Kurset omfatter bl.a.

• Strukturen af proteiner, nukleinsyrer, lipider, kulhydrater og membraner
• Strukturelle principper for enzymer og katalyse
• Transskription, mRNA modning og -eksport (herunder protein-nukleinsyreinteraktioner)
• Proteinsyntese og ribosomet (herunder RNA-struktur)
• Membranproteiner
• Immunsystemet
• Fortolkning og vurdering af strukturelle resultater

Faglige forudsætninger

Videregående biokemi eller tilsvarende

Underviser

Ansvarlig faglærer
Navn: Ditlev E. Brodersen
Universitetsadresse: MBI, Forskerparken, bygning 3120 (barak 12), Gustav Wieds Vej 10C, 8000 Århus C
Telefon: 8942 5259
E-mail: deb@mb.au.dk

Øvrige undervisere

Poul Nissen, Søren Thirup, Gregers Rom Andersen m.fl.

Undervisnings- og arbejdsform

Forelæsninger (3 timer/uge), teoretiske øvelser og computerøvelser (5-6 timer/uge), studenterkollokvier (1-2 timer/uge).

Undervisningssprog:

Litteratur

Liljas, Liljas, Piskur, Lindblom, Nissen & Kjeldgaard, "Textbook of Structural Biology", World Scientific, 2009, samt ca. 125 sider originalartikler.

Kursushjemmeside

Der henvises til Aarhus Universitets e-læringshjemmeside: http://www.aula.au.dk/

Eksamensterminer

Eksamen: Efter 4. kvarter
Reeksamen: Efter aftale med faglærer

Udbyder

Molekylærbiologisk Institut

Læringsmål

Når kurset er gennemført, forventes den studerende at kunne

• genkende og gøre rede for almindelige tertiære strukturmotiver i proteiner og RNA samt identificere og beskrive strukturelle domæner.
• analysere og vurdere intra- og intermolekylære interaktioner i makromolekylære komplekser i en forelagt struktur.
• forudsige funktionelt vigtige områder i et makromolekyle ud fra en række stukturelle karakteristika, bl.a. tredimensionel foldning og overfladeegenskaber.
• analysere enzym-ligand interaktioner med henblik på at diskutere specificitet, selektivitet, eventuel inhibitorisk effekt og mulige reaktionsmekanismer.
• beskrive og sammenligne udvalgte strukturer gennemgået under de fem emneområder og relatere disse strukturer til den biologiske funktion af de indgående makromolekyler og ligander.
• analysere, vurdere og diskutere kvaliteten af en struktur ud fra originallitteratur og deponerede PDB koordinater.
• for honours-niveau forventes tillige at den studerende er i stand til:
• at formulere en selvstændig skriftlig, strukturel analyse indeholdende detaljerede illustrationer af relevante struktursammenhænge og diskutere denne på et videnskabeligt grundlag
• at kunne opbygge og bedømme en samlet strukturel model baseret på en større samling originallitteratur.

Bedømmelse

• 20 minutters mundtlig eksamen baseret på 3 dages forberedelse af et emne trukket indenfor pensum. Eksamen består af et 10 min Powerpoint-oplæg af den studerende efterfulgt af spørgsmål. Ved eksamen vil der også være mulighed for at fremvise og diskutere konkrete strukturmodeller elektronisk, for honoursstuderende tillige en skriftlig opgave på ca. 5 sider, som afleveres i løbet af kurset, denne opgave vægter 50 %
• Ekstern censur
• 7-trinsskala