AU kursuskatalog arkiv

Anvendt strukturbiologi (Q4) ( forår 2011 - 5 ECTS )

Rammer for udbud

• Uddannelsessprog: engelsk (eller dansk)
• Niveau: Kandidatkursus
• Semester/kvarter: 4. kvarter
• Timer per uge: 7 (se Undervisnings- og arbejdsform)
• Deltagerbegrænsning: Ingen
• Undervisningssted: Århus
• Hovedområde: Det Naturvidenskabelige Fakultet
• Udbud ID: 24995

Formål

Dette kursus beskriver de grundlæggende principper i implementation af røntgenkrystallografisk strukturbestemmelse af biologiske makromolekyler.

Obligatorisk program

Teoretiske øvelser, laboratorieøvelser, computer øvelser og afleveringsopgaver

Indhold

Strukturbiologi er central for forståelsen og udforskningen af molekylær fysiologi og cellebiologi. Området har tillige udviklet sig til et kraftfuldt og moderne redskab inden for udvikling af nye lægemidler og i bioteknologisk optimering af industrielle og farmakologiske molekyler.

Hovedvægten i dette kursus ligger på den grundlæggende teori og på anvendelse af metoder i strukturbiologi. Der vil primært være fokus på røntgenkrystallografi, som inkluderer krystallisation af proteiner, DNA eller RNA, krystallografisk dataopsamling og struktur-bestemmelse. Forholdet mellem højtopløste strukturer og deres brug i fortolkningen af resultater fra andre spredningsbaserede metoder såsom småvinkel røntgen- og neutronspredning og elektronmikroskopi vil også blive inddraget. Kurset vil dække principper involveret i bestemmelse og fortolkning af direkte repræsentationer af molekylære strukturer såsom elektrontæthedskort og i brugen af grafiske værktøjer til molekylær modelbygning, forfining og validering. Design af grafiske afbildninger til målrettet og effektiv kommunikation af strukturelle og biologiske resultater vil blive dækket. Derudover vil brugen af bioinformatikredskaber som grundlag for eksperimentelt design og i analysen af molekylære modeller blive inkluderet

Kurset giver studenten den nødvendige baggrund for at forstå og evaluere strukturbiologi som en vigtig og integreret metode i nutidig biovidenskab og giver den studerende praktisk erfaring med røntgenkrystallografisk strukturanalyse.

Faglige forudsætninger

Videregående biokemi (tidligere Biokemi A) (tilmeldt eller bestået eksamen).

Fysisk Biokemi 1 og 2 (bestået eksamen)

Underviser

Ansvarlig faglærer

Poul Nissen
Molekylærbiologisk Institut, Aarhus Universitet, Forskerparken
bygning 3120, rum 110, Gustav Wieds Vej 10C, 8000 Århus C
Tlf: 8942 5025
E-post: pn@mb.au.dk

Øvrige lærere

Thomas Boesen, J. Preben Morth, Gregers R. Andersen med flere

Undervisnings- og arbejdsform

2 F +1 TØ + 4 LØ/CØ pr. uge fordelt på 7 uger. Forelæsninger over lærebog og note-materiale(kompendium indeholdende oversigtsartikler og øvelsesnoter), opgaveregning til TØ samt laboratorie- og computerøvelser

Litteratur

Lærebog: BIOCRYSTALLOGRAPHY (2009)
Forfatter: Berhard Rupp
Forlag: Garland Science/Taylor and Francis
ISBN: 0815340818

Kursushjemmeside

Der henvises til Aarhus Universitets e-læringshjemmeside: http://www.aula.au.dk/

Lige nu:  

http://www.aula.au.dk/courses/CL3ffb/

Eksamensterminer

Eksamen: Efter 4. kvarter
Reeksamen: August

Udbyder

Molekylærbiologisk Institut

Læringsmål

Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:

• beskrive, tilrettelægge og sammenligne og diskutere optimale metoder i strukturbiologi
• beskrive og redegøre for overordnede principper for krystallografisk strukturbestemmelse af biologiske makromolekyler
• tilrettelægge, udføre og evaluere krystallisationsforsøg af makromolekyler
• tilrettelægge, udføre og evaluere dataopsamlingsstrategier og processering af røntgendiffraktionsdata på makromolekylære krystaller
• udføre, analysere og evaluere fortolkningen af elektrontæthed via atomare modeller og deres forfining og bedømme kvaliteten af disse baseret på valideringsmetoder
• tilrettelægge og producere grafiske repræsentationer af strukturelle og biologiske data med henblik på at identificere og videregive en videnskabelig pointe.

Bedømmelse

• 20 minutters mundtlig eksamen med 30 minutters forberedelse
• Bedømmelse efter 7-trinsskalaen
• Ekstern censur